| 1998 | Flute Sonatas | Johann Sebastian Bach; Michael Form, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2000 | Bach : L'offrande musicale, BWV 1079 | Arte Resoluta, Lorenzo Brondetta, Renata Spotti, Giovanna Barbati, Fabio Bonizzoni, Ben Sansom, Edoardo Bellotti | | 1 |
| 2001 | Pièces de clavecin | Francesco Geminiani; Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2005 | Goldberg Variations | Johann Sebastian Bach; Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2006 | Le Cantate Italiane di Handel, Vol. I: Le Cantate per il Cardinal Pamphili | George Frideric Handel; Roberta Invernizzi, La Risonanza & Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2007 | Le Cantate Italiane di Handel, Vol. II: Le Cantate per il Marchese Ruspoli | George Frideric Handel; Emanuela Galli, Roberta Invernizzi, La Risonanza & Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2007 | Le Cantate Italiane di Handel, Vol. III: Le Cantate per il Cardinal Ottoboni | George Frideric Handel; Raffaella Milanesi, Salvo Vitale, La Risonanza & Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2008 | Concertos pour orgue / Noëls | Michel Corrette; Fabio Bonizzoni, La Risonanza | | 1 |
| 2008 | Le Cantate Italiane di Handel, Vol. IV: Aminta e Fillide | Handel; Maria Grazia Schiavo, Nuria Rial, La Risonanza & Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2008 | Le Cantate Italiane di Handel, Vol. V: Clori, Tirsi e Fileno | George Frideric Handel; Roberta Invernizzi, Yetzabel Arias Fernández, Romina Basso, La Risonanza & Fabio Bonizzoni | | 2 |
| 2009 | Le Cantate Italiane di Handel, Vol. VI: Olinto pastore | George Frideric Handel; Roberta Invernizzi, Yetzabel Arias Fernández, Romina Basso, La Risonanza & Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2011 | Die Kunst der Fuge, BWV 1080, after manuscript Bach P200 | Johann Sebastian Bach; Fabio Bonizzoni, Mariko Uchimura | | 1 |
| 2011 | Gli strali d’amore: Divertimento immaginario | André Campra; Roberta Invernizzi, Cyril Auvity, Salvo Vitale, La Risonanza, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2012 | Opera Arias | Vivaldi; Roberta Invernizzi, La Risonanza, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2015 | Motets | J.S. Bach; Capella Cracoviensis, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2018 | Harpsichord Concertos Vol. 1 | Johann Sebastian Bach, Fabio Bonizzoni, La Risonanza | | 1 |
| 2022 | The Sonatas for Violin and Cembalo obbligato, Vol. 1 | Johann Sebastian Bach; Ryo Terakado, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| 2023 | The Sonatas for Violin and Cembalo obbligato, Vol. 2 | Johann Sebastian Bach; Ryo Terakado, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| — | "Selva di varie compositioni" | Bernardo Storace; Fabio Bonizzoni | | 1 |
| — | Duetti da Camera | George Frideric Handel: Fabio Bonizzoni / Roberta Invernizzi / Marina de Liso / La Risonanza, Marina de Liso, La Risonanza, Fabio Bonizzoni | | 1 |
| — | Sonate per Clavicembalo e per Organo | Baldassare Galuppi; Fabio Bonizzoni | | 1 |
